2012년 4월 4일 오후 11시 50분 쯤 집을 나간 뒤 실종되었다. 실종 당일 해운대 도서관에서 공부를 마치고 집으로 돌아온 뒤 대천공원으로 산책을 나간다며 집을 나섰다. 그 후 연락이 두절되었고 어머니가 다음날 오전 2시 30분 쯤 중동지구대에 실종신고를 했다. 경찰이 문 씨의 휴대전화 위치를 추적한 결과 부산 좌동 해운대 교육지원청 인근에서 사라졌으며 실종 이후 세차례 정도 켜졌지만 모두 해운대 교육지원청이었다. 문 씨의 미귀가가 8일을 넘겨 가족의 동의를 얻어 4월 12일 공개수사로 전환하였으나 같은 날 오후 3시 10분 경, 부산 해운대구 좌동 신시가지 뒤편 대천천 호수에서 시신으로 발견되었다. 휴대전화 위치 추적을 통해 좌동에 있다는 사실을 파악하고 대천천 주변 수색 과정에서 잠수부를 동원해 깊이 5m 가량의 호수를 수색해 시신을 발견했다. 외출할 때 입었던 옷차림 그대로였으며 특별한 외상은 발견되지 않았으며 국과수의 부검 결과 사인이 전형적인 익사로 밝혀짐에 따라 실족사 가능성에 무게를 두었다. 시신이 발견된 호수는 높이 1.2m 철제 펜스로 둘러 싸여 있기 때문에 일부러 펜스를 넘어가지 않는 이상 실수로 호수로 빠지기는 어려운 구조다. 또한 시신 발견 당시 귀에 이어폰을 꽂고 있었는데, 이어폰을 끼고 실수로 물에 빠졌다면 본능적으로 물에서 허우적거렸을 터인데 이어폰이 그대로 귀에 꽂아진 상태였다. 그러나 국과수의 부검 결과 몸에 타살 흔적이 전혀 없고 그간 행적과 가족 등의 진술 등으로 미뤄 자살가능성도 없는 것으로 판단하고 사고사로 최종 결론을 내렸다.
